martedì, Ottobre 19, 2021
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Campania, variante indiana: il Tigem di Pozzuoli fa la meta dei sequenziamenti in Italia

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Grazie ad un finanziamento della Regione Campania, il TIGEM è stato in grado di portare avanti un progetto di sequenziamento dei tamponi di pazienti COVID-19 al fine di identificare le varianti di SARS-cov-2 e di ricostruirne l’albero genealogico tramite il pattern di mutazioni acquisite nel Periodo di diffusione nella regione Campania.

Il progetto prevedeva il sequenziamento e l’analisi bioinformatica dell’intero genoma virale Ottenuto dai tamponi dei pazienti COIVD-19, nel caso specifico dell’rna essendo SARS-cov-2 un Virus a RNA. I dati sono stati processati attraverso un’analisi bioinformatica per ricostruire il genoma Virale, ovvero confermare il ceppo SARS-cov-2 e ricostruire la filogenesi del virus attraverso Algoritmi che analizzano i pattern di mutazioni acquisite nel periodo di diffusione. Grazie alla preziosa collaborazione con l’Ospedale Cotugno e l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale Del Mezzogiorno (IZSM) sono stati sequenziati un numero considerevole (15527) di campioni Ottenuti da tamponi positivi al COVID-19. Dopo aver sottoposto le sequenze ottenute a diversi Controlli di qualità, 12650 di esse sono state depositate su GISAID, il database di riferimento Mondiale per le sequenze dei genomi virali (gisaid.org).

Ad oggi, queste rappresentano circa il 40% delle sequenze depositate in Italia. In aggiunta agli obiettivi prefissati dal progetto, il TIGEM è stato preso in considerazione per portare Avanti il processo di sorveglianza sanitaria campana previsto dall’istituto Superiore di Sanità (ISS). Esso prevede il monitoraggio dell’incidenza dei pazieni positivi al COVID-19 e le relative variazioni Del genoma virale, al fine di ottimizzare il tracciamento delle cosiddette varianti e supportare i Processi decisionali in termini di prevenzione. La suddetta sorveglianza sanitaria è stata condotta mensilmente su un numero rappresentativo di 364 campioni. L’analisi di sequenziamento ha permesso la caratterizzazione di 84 diverse varianti virali nel Territorio della Regione Campania, tra cui la prima variante alpha (B.1.1.7), predominante nella Popolazione a partire da Gennaio 2021, la variante gamma (P.1) ed eta (B.1.525), il primo caso Italiano di variante epsilon (B.1.427) e gli unici 5 soggetti campani con la variante delta (B.1.617.2), di particolare interesse vista la sua crescente incidenza mondiale. Inoltre, l’analisi mutazionale e filogenetica dei genomi virali sequenziati ha consentito

L’identificazione di una nuova variante sul terrirorio campano, riconosciuta da GISAID come variante B.1.177.88. Questa variante, individuata in pazienti residenti nell’area dell’agro-nocerino, presenta Le stesse caratteristiche genetiche della variante europea più diffusa (B.1.177), ma con Un’importante differenza: la presenza della mutazione Spike E484K, di particolare interesse perchè Associata ad una maggiore infettività. In virtù di ciò e considerando che questa mutazione definisce Principalmente varianti ad alto rischio (gamma, beta ed eta), il TIGEM è anche coinvolto nel Monitoraggio di tutte le varianti che presentano la mutazione Spike E484K.

Covid-19, Campania: sequenziamento varianti, focolaio a Torre del Greco

A seguito delle attività settimanali di sequenziamento previste da piano di sorveglianza genomico della Regione Campania, condotto da Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Mezzogiorno, Azienda Ospedaliera Dei Colli (ospedale Cotugno) e Tigem, sono stati esaminati 321 campioni di soggetti risultati positivi al Covid 19 con tampone molecolare. Dalle indagini è emersa la presenza di 170 varianti inglesi, 82 varianti indiane, 36 varianti brasiliane, 6 varianti colombiane e 23 europee. Sono in corso ulteriori approfondimenti epidemiologici e sullo stato vaccinale dei soggetti presi in esame.

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